Ανάπτυξη του αλγορίθμου BLASΤ σε περιβάλλον GPU

Abstract

Η παρούσα εργασία καταπιάνεται με την ανάπτυξη του Αλγορίθμου BLAST μοριακής βιολογίας για την στοίχιση (alignment) μορίων πρωτεϊνών από μια βάση δεδομένων γνωστών πρωτεϊνών μιας άγνωστης ακολουθίας πρωτεΐνης. Επιπρόσθετα, παρουσιάζεται και προτείνεται και η χρησιμοποίηση μιας ή περισσοτέρων (συστοιχίας) καρτών – επεξεργαστών γραφικών για την επίσπευση της διαδικασίας μέσω πολυπαράλληλων υπολογισμών που μπορούν να προσφέρουν οι εν λόγω επεξεργαστές μέσω του framework CUDA Η εργασία αυτή χωρίζεται στις κάτωθι ενότητες: Προσδιορισμός του προβλήματος στοίχισης πρωτεϊνών, περιγραφή του αλγορίθμου BLAST, περιγραφή στοιχείων της πολυπαράλληλης επεξεργασίας με τη GPU και παρουσίαση του κώδικα για τους ζητούμενους υπολογισμούς. Εν κατακλείδι παρουσιάζονται τα αποτελέσματα και τα εξαγόμενα συμπεράσματα