Αναγνώριση μοριακών ακολουθιών

Abstract

Για την κατανόηση των πληροφοριών που κωδικοποιούνται σε γενετικές ακολουθίες, βάσεις δεδομένων συχνά συγκρίνονται για τον εντοπισμό ομοιοτήτων, σε μια διαδικασία που καλείται ευθυγράμμιση ακολουθίας. Η σύγκριση Γενετικών ακολουθιών είναι ένα από τα σημαντικότερα ερωτήματα στην υπολογιστική Βιολογία. Ο αλγόριθμος που χρησιμοποιείται περισσότερο για αυτό το σκοπό είναι ο BLAST, ο οποίος απαιτεί λιγότερο υπολογιστικό χρόνο, αλλά έχει μικρότερη ευαισθησία, π.χ. σημαντικές ομοιότητες μπορεί να μη ληφθούν υπόψη. Ο αλγόριθμος Smith-Waterman επιτυγχάνει υψηλή ευαισθησία, ωστόσο, απαιτεί περισσότερο υπολογιστικό χρόνο. Σε αυτή την εργασία γενετικό υλικό από Ιούς συγκρίνεται με τη χρήση των αλγορίθμων BLAST και Smith and Waterman.